「/etcはCVSで管理する」のと同じ理屈で「/usr/local/etcも」って感じですね。
あと具体的には「net/netatalkってなんで$PREFIX以下にnetatalk/って掘らないで.confファイルばら撒くの」とか「www/squid24のsquid.confのPIDは/var/run/squid.pidだろ。ついでにログも/var/log/squid/以下に。んでnewsyslogにも設定を加え」っていう修正も管理したかったなぁ。というかports関係のドキュメントを読め。という気がしているオレ。