ようするにLinuxだったら/dev/ataraid/以下をmknodして、insmodでataraidモジュール読み込んでddでコピーすればいいのでは。
と思い実行してみた。
FreeBSD disk2.iso起動で/dev/ar0からコピーしてもよさそうだけど。とりあえずKNOPPIXを想定。
mknodは ATARAID drivers for the 2.4 kernel Howto_ に指定してある MAKEDEV_ を使うのが簡単。
モジュールは

insmod ataraid
insmod pdcraid

で読み込む。
新品のHDDはセカンダリーのプライマリーに接続。Linuxなら/dev/hdc。FreeBSDでoptions ATA_STATIC_ID指定のカーネルなら/dev/ad2。（これ間違えるとカナリ悲惨なので、使わないHDDは接続を外しておくのが鉄則）
あとはほそかわたつみさんの 復活の日: FreeBSD ディスククラッシュ事件総括_ が参考に。

dd if=/dev/ataraid/d0 of=/dev/hdc bs=512 count=カウント数 conv=sync,noerror

とかやって一晩ほったらかしにするのが楽でイインだが。
さらにKNOPPIXの場合は PartitionImage for Linux_ がインストール済みなので システムバックアップ(Partition Image)_ などを参考にコッチでコピーするのが楽だと思う。boot:でknoppix 2で作業すればメモリにも余裕が出来る。

g4u - Harddisk Image Cloning for PCs_: