Photoshopの画像ファイルは.psdの拡張子で保存されるけど *3 。5.5以上から調整レイヤーとかモードが追加されている。まぁ基本のファイル構造自体は変わっていなくて、レイヤー周りに新フォーマットが追加された感じ。それでバージョンの下位互換性に支障がでてきたり。（読み込み自体は出来るけど、新機能は捨てられる）
ちなみにアニメの撮影では「AfterEffectsが対応していないのでVer.5以上に特有な機能は使わない」ってのが鉄則。
そもそもレイヤー表現は素材をインポートしてからAfterEffects上でつけたほうが制御しやすいし。