だって、本当にディスプレイ上だけで色を決めているとも思えないしな。決めるまでの作業では実際の絵の具をいじる行程も当然ありそうだ。

無いです。
「絵の具の色は絶対で、これさえあれば基準になる」ってのは、アナログ時代の悪しき慣習で。アニメの色ほど不安定なものは無いと思います。
よほど印刷でCMYKを扱っている業界のほうが色の基準には細かいというのが実情。
例えば、太陽色彩のF30が毎年毎月絶対におんなじ色で撮影できるかというと、そんなことは無くて。
ジブリほど色彩設計と色合わせにカネと時間をかけているスタジオは、あんまり無いです。（イマジカのギャレットもジブリ向けに開発されたようなもんだし）
絵の具の色は数が少ないし、表現できる色域が狭いし、不安定だし、扱いには困るし。
アナログよりも、よく調整されたデジタル工程のほうが、監督や保田さんの意図する色で、視聴者に見てもらえるでしょう。
もちろん「よく調整された」ってのが、今回の話のミソになっているわけで。

「画面じゃ色がわからないから、カラープリンターで出力してくれ」: