eval {
                $status = mirror("$url", "$ARCHIVE_DIR/$savename");
                system("/usr/bin/gzip -9 $ARCHIVE_DIR/$savename");
            };

こんな感じでgzip圧縮を呼ぶsystem文を一行追加しただけ。
あとarchive側のDirectoryIndex CGIに

print "Location: http://www.otsune.com/archive/$year/$url.gz\n\n";

という感じで.gzを足した。